Bis Ende 2019 wurden bei den TGD Geschäftsstellen, TGD Tierärzten und TGD Tierhaltern regelmäßig externe TGD Kontrollen durchgeführt. Hierbei erfolgten jährliche Kontrollen der TGD Geschäftsstellen sowie Stichprobenkontrollen bei Tierärzten und Tierhaltern. Es wurden abwechselnd sogenannte Baseline Kontrollen (Überblickskontrollen) sowie Schwerpunkt Kontrollen (Schwerpunkt Tierarzneimitteleinsatz) durchgeführt. Die Stichprobenauswahl erfolgte zentral durch die AGES DRS. Die externen Kontrollen wurden von akkreditierten Kontrollfirmen (zuletzt von der Firma TÜV Austria) durchgeführt. Die Zuständigkeit für die externe Kontrolle liegt beim Bundesministerium für Soziales, Gesundheit, Pflege und Konsumentenschutz.
Seit 2020 werden externe TGD Kontrollen von Tierärzten und Tierhaltern in der gewohnten Form nicht mehr durchgeführt. Diese Kontrollen werden nunmehr in behördliche Kontrollen integriert.
Externe Kontrollen der TGD Geschäftsstellen werden nicht mehr jährlich, sondern nur auf Anordnung durch das Bundesministerium für Soziales, Gesundheit, Pflege und Konsumentenschutz durchgeführt.
